LIMS geeft NKI volledige controle over planning proefdierstudies

icon.highlightedarticle.dark LIMS, Lab informatiemanagementsystemen
Laatste wijziging: 18 juni 2024
Sander Morrien
Sander Morrien | Foto: FOODNote

Met een nieuw LIMS voor het managen van proefdierstudies kunnen onderzoekers in het proefdierhuis van het Nederlands Kanker Instituut (NKI) nu met één persoon blind randomiseren. Er is met dit studiemanagementsysteem een professionaliseringsslag gemaakt. Data en rapporten zijn een stuk overzichtelijker en altijd up-to-date.

Met de ingebruikname van een professioneel LIMS kan NKI eindelijk gaan bouwen aan een betrouwbaar en overzichtelijk studiemanagementsysteem voor zijn proefdieronderzoek. Een lang gekoesterde wens gaat hiermee in vervulling.

Het instituut was al jaren op zoek naar een goed laboratorium management systeem voor zijn blind gerandomiseerde studies, maar geen pakket leek te voldoen aan de specifieke eisen. Met de vorig jaar geïnstalleerde software blijkt het toch mogelijk: een LIMS met zoveel flexibiliteit waar de inhouse IT’er alleen maar van kan dromen.

Van Excel-applicatie naar LIMS

Voor de komst van het LIMS, iLES van iVention, verliep het databeheer met een Excel-applicatie. Op zeker moment liepen Marieke van de Ven (Head of Mouse Cancer Clinic) en Sander Morrien (Informatiemanager) bij het proefdierhuis van het Nederlands Kanker Instituut (NKI), echter vast op de rigiditeit van hun Excelsheets.

Met 120-160 interventiestudies per jaar kampten ze met grote overzichten die niet meer voldeden aan de eisen voor overzichtelijk en foutloos werken.

Marieke van de Ven, Mouse Cancer Clinic
Marieke van de Ven, Mouse Cancer Clinic | foto:FOODnote

Studiemanagementsysteem voor proefdieronderzoek

Van de Ven licht de beperkingen van het werken in Excel toe: “De Excelsheets die we hadden gemaakt, waren op zich best goed. Met pop-ups en veel formules. Toch is het beperkend, want je kunt nooit tegelijk in één systeem werken en bij het invoeren en aflezen worden fouten gemaakt, dat blijft mensenwerk. Bovendien moesten er altijd twee personen aanwezig zijn bij het dubbelblind randomiseren; de één met de proefdiermuis in de hand en de ander met de computermuis.”

Morrien haakt hierbij aan: “Wij zochten specifiek naar een studiemanagementsysteem dat een individueel proefdierbehandelplan kan bijhouden en daarnaast kan afzetten tegen het behandelschema van alle proefdieren in dat cohort. Met iLES kan dat nu en we kunnen daarnaast elke behandeling (‘treatment arm’) nauwkeurig, en per tijdspunt, definiëren.”

Complex Programma van Eisen

En dat is een groot voordeel. Want de complexiteit bij de in vivo experimenten van het NKI is dat zij een proefdier pas in een behandelgroep zetten, zodra de tumor een bepaalde grootte heeft.

Van de Ven: “Bij veel interventiestudies wordt gewerkt met een vast startmoment voor alle dieren, maar op onze manier is de data realistischer en hoef je minder te werken met gemiddelden. Het genereert alleen wel een heleboel extra parameters en variabelen.”

Morrien beaamt dit: “Wij hebben inderdaad een uitgebreid stappenplan met veel kleine stappen, dus ons Programma van Eisen was complex. Toen wij in april 2023 met de implementatie van iLES begonnen, heb ik vaak met iVention om tafel gezeten. De standaardmodules stonden al snel, maar 80% daarvan ging niet voor ons op. Gelukkig kon ik veel zelf aanpassen en was de leverancier altijd bereid om samen aan het systeem te sleutelen.”

“Je kunt met Excelsheets nooit tegelijk in één systeem werken”
Marieke van de Ven, Head of Mouse Cancer Clinic

Medewerkers betrekken bij de LIMS-implementatie

Een nieuw systeem uitrollen is altijd spannend en kan weerstand bij de medewerkers oproepen. Van de Ven was dat voor: “Daarom hebben we bewust vanaf het begin een aantal van onze biotechnici gevraagd om mee te denken met de wensen voor dit LIMS.”

De onderzoekers waarvoor ze werken, zijn in een latere fase geïnformeerd. Die krijgen alle behandeldata nu in uniforme, nette en professionele rapportages op maat aangereikt. “Dit maakt de data veel overzichtelijker. In de toekomst willen we ook nog grafieken kunnen plotten via het LIMS.”

Direct proefdraaien

Er werd al snel proefgedraaid met de nieuwe applicatie. “We kregen het advies om onze nieuwe studies al direct in het nieuwe systeem te zetten. Dan doe je in het begin veel dubbel werk, maar inmiddels zijn we deze overgangsfase voorbij en staat alles in het nieuwe data management systeem. Nu moet het zich gaan uitbetalen in nauwkeuriger en efficiënter werken”, vult Van de Ven aan.

“Wij zochten specifiek naar een studiemanagement-systeem dat een individueel proefdierbehandelplan kan bijhouden”
Sander Morrien, Informatiemanager bij het proefdierhuis van het Nederlands Kanker Instituut (NKI)

Nieuwe procedures, minder fouten

Uiteraard is zo’n digitaal systeem voor iedereen nieuw. Zo moesten ook de medewerkers van het proefdierhuis het zich eigen maken. Natalie Proost, facilitair coördinator Mouse Cancer Clinic, deelt haar ervaringen: “We moesten op best veel vlakken aanpassen; onze procedures veranderden, onze vaste routines gingen op de schop en de data zag er opeens anders uit.”

Ze reflecteert: “Ja, het was wel even wennen om te werken met de nieuwe – digitale – schuifmaat om de tumoren op te meten. Daarentegen was het extra chippen van de dieren zo geleerd.”

Natalie Proost, 
Facilitair coördinator Mouse Cancer Clinic
Natalie Proost, Facilitair coördinator Mouse Cancer Clinic | foto:FOODnote

Genetische karakterisatie

Proost doelt op de teen(koot)knip en de oorknip die bij genetisch gemodificeerde (GM)-muizen dienen voor de identificatie en voor genetische karakterisatie. Bij de oorknip worden één of meer driehoekjes of rondjes uit één of beide oren geknipt of geponst. Deze methode wordt bij voorkeur ruim vóór de speenleeftijd uitgevoerd.

Boeije: “Ja, met het nieuwe systeem is er één groot voordeel: we kunnen geen fouten meer maken bij het aflezen van de oorknip. Dat ging vaak fout bij de 4 en de 7. En wat enorm fijn is, is dat we geen tumormetingen meer hoeven over te typen uit Excel. Zo maken we minder fouten en zijn de resultaten objectiever.”

Data altijd up-to-date

Tijdsbesparing was niet de inzet van de automatiseringsslag. Het borgen van de kwaliteit des te meer. “De controles lijken gevoelsmatig niet sneller,” vervolgt Boeije, “ook al kun je de dieren en kooien nu gewoon scannen. Dat komt doordat we meer moeten aanvinken, doorklikken en keuzes moeten maken. Je vinkt nu een vakje aan na de dagelijkse controle of je markeert een dier met een vinkje voor extra controles tussendoor.”

Proost vult haar aan: “Uiteindelijk kost de rest van het werkproces wel minder tijd. En de data is altijd up-to-date. Je ziet het behandeloverzicht en de behandelgeschiedenis in één oogopslag. Of je krijgt een melding als je een controle vergeten bent of bij een out-of-spec. Want het LIMS doet ook de berekeningen voor ons. Zo loop je aan het einde van de dag toch fijner naar huis, omdat je het gevoel hebt alles meer onder controle te hebben.”

LIMS wensenlijstje

De mogelijkheden zijn met dit studie management systeem enorm toegenomen, legt Morrien uit. “We hebben laatst een resistentiestudie uitgevoerd, waarbij we een stuk of 50 variabelen hadden. Dat had ons voorheen zeker 1000 Excelsheets gekost, maar nu kan ik dat softwaretechnisch in een paar uurtjes opzetten.”

Van de Ven is tevreden over hun stap naar een professioneler systeem en ziet kansen voor de toekomst. “Ik zou graag de zoekfuncties binnen het iLES systeem verder laten uitwerken. Als onderzoekers dan een bepaalde cellijn willen testen, kunnen we nagaan of deze al eerder is gebruikt en wat toen de resultaten waren. Beter vindbare data zorgt uiteindelijk ook voor minder proefdiertesten.”

tk1

LIMS specs

Bedrijf: Nederlands Kanker Instituut / NKI Animal Laboratory

Productversie: iLES, Continuous Delivery inclusief kosteloze upgrades

Datum inbedrijfname: april 2023

Aantal simultane gebruikers: 10-12

Server: Azure Appservice, Azure SQL Server

tk2

NKI’s LIMS: dit zijn de 11 voordelen op een rij

  1. Dubbelblindfunctie in iLES; je kunt met 1 persoon blind meten
  2. Dieren en kooien nu simpelweg scannen voor de gegevens
  3. Data en behandelschema’s altijd up-to-date en op elk moment inzichtelijk
  4. Uniforme en overzichtelijke registratie van de behandeldata
  5. Professionele rapportages voor de onderzoekers
  6. Foutenmarge bij invoeren en aflezen is beduidend kleiner
  7. Labels printen gaat automatisch, niet meer overtypen
  8. iLES berekent behandeling aan de hand van het gewicht van het dier
  9. Automatische melding bij afwijkingen
  10. Eén persoon per flowkast voor behandeling en data-invoer
  11. Meerdere personen kunnen tegelijk aan hetzelfde protocol werken

tk3

Bekijk de video van de proefdierenfaciliteit van het NKI waar Marieke van de Ven een rondleiding geeft in de Mouse Cancer Clinic, een ultramoderne en volledig uitgeruste faciliteit gericht op preklinisch kankeronderzoek.

Zo ziet het dagelijkse werk eruit:

Wil je meer weten over LIMS?

LIMS-systeem biedt Cono Kaasmakers meer overzicht en tijdwinst

Met flexibel LIMS kan zuivelcoöperatie analytische uitdagingen aan

LIMS stroomlijnt monsteropslag en -uitgifte biobank samples

Van homemade naar professioneel Lab Request Systeem

Profile picture of Vanessa Appelman M.Sc.

Geschreven door Vanessa Appelman M.Sc.

Lees meer van Vanessa Appelman M.Sc. icon.arrow--dark

Blijf op de hoogte en mis geen artikel

Abonneren icon.arrow--dark