Eppendorfs BioSpectrometer Fluorescence bezit alle eigenschappen van het basismodel en biedt als extra een geïntegreerde fluorescentiemogelijkheid. Meten met behulp van fluorescentie kan gebruikt worden om het meetbereik met een factor 1000 te vergroten, bijvoorbeeld bij het detecteren van DNA. Hierdoor is er al een betrouwbare kwantificatie bij een concentratie van slechts 1.0 pg/μl. Metingen kunnen worden uitgevoerd in het UV/Vis- of fluorescentiebereik. Kwantificeren kan met fluorescentiekleurstoffen in hetzelfde apparaat, zelfs voorbij het fotometrische detectiebereik. Het meettoestel biedt voorgeprogrammeerde en vrij te programmeren fluorescentiemethoden en fluorescentie-intensiteit bij een bereik van 0.5 nM tot 2.000 nM. De fluorescentie-excitatiegolflengte bedraagt 470 nm, de emissiegolflengtes zijn 520 nm en 560 nm.
