Veelgebruikte analysetools in deze platforms zijn:

  • tSNE (t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding): Een dimensie-reductietechniek die helpt bij het visualiseren van complexe datasets door celpopulaties in twee- of driedimensionale ruimte te projecteren.
  • FlowSOM (flowcytometry Self Organizing Maps): een clusteringalgoritme dat zelforganiserende kaarten (SOM) gebruikt om celpopulaties te groeperen en hiërarchische structuren binnen datasets te identificeren.
  • SPADE (Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events): Bouwt een spanning tree om relaties tussen celpopulaties te visualiseren, ideaal voor het analyseren van hiërarchische processen zoals celontwikkeling.
  • DPT (Diffusion Pseudotime): Een methode om cellulaire trajecten te reconstrueren op basis van enkele-cel data, waardoor de volgorde van cellulaire differentiatie of respons op stimuli inzichtelijk wordt.