In 28 jaar tijd is het Leidse bedrijf BaseClear uitgegroeid van een klein DNA-sequencing lab tot de grootste onafhankelijke genoomspecialist van Europa en expert op het gebied van ‘microbial genomics’. “De technologie is volwassen geworden en ondergeschikt aan de toepassing.”

Els van den Brink | Fotografie: Marco Vellinga

Toen Bas Reichert en Erna Barèl in 1993 hun bedrijf BaseClear oprichtten, waren ze zelf nog bezig met de afronding van hun studie biologie aan de Universiteit Leiden. Met een gehuurde sequencer deden ze de eerste DNA-analyses in een kleine labruimte in Rijnsburg, waarna ze de resultaten persoonlijk bij hun klanten afleverden. Achtentwintig jaar later staan ze nog steeds aan het roer van hun bedrijf, dat ondertussen meer dan zestig werknemers heeft en sinds drie jaar gevestigd is in het speciaal voor hen ontworpen Nucleusgebouw op het Leiden Bioscience Park.

Sequencing

In die 28 jaar is BaseClear meegegroeid met de technologische ontwikkelingen op het gebied van DNA-sequencing. Het begon met het sequencen van korte stukjes DNA, ook wel bekend als Sanger sequencen. Nog altijd heeft BaseClear meerdere apparaten staan voor dit soort werk, die veelvuldig worden gebruikt voor diverse toepassingen. In de loop der jaren kwam daar het zogenaamde Next Generation Sequencing bij, waarmee steeds grotere stukken DNA gesequenced konden worden. “Wij hebben apparaten van zowel Illumina als PacBio en Oxford Nanopore Technologies”, vertelt CEO Bas Reichert.

In één run een bacterie compleet sequencen
Bas Reichert

“Al die apparaten werken op een net iets andere manier, waardoor ze ook andere toepassingen hebben. Bij Illumina gaat het om heel veel data met korte leeslengtes, terwijl het bij PacBio en Oxford Nanopore Technologies om heel lange leeslengtes gaat. Die leeslengtes zijn de afgelopen jaren steeds langer geworden, en de hoeveelheid data die verwerkt kan worden steeds groter, waardoor je in één run een bacterie compleet kan sequencen.”

Volwassen technologie

“In feite is de sequencingtechnologie nu zo ver ontwikkeld, dat ze volwassen is geworden. Vandaar dat wij ons veel meer zijn gaan focussen op de toepassingen waarvoor we deze technologie kunnen inzetten, terwijl de technologie zelf meer ondergeschikt is geworden”, zegt COO Erna Barèl. “Kenmerkend voor onze aanpak is dat we echt met onze klanten meedenken over de aanpak van hun onderzoeksproject. Vanaf de onderzoeksopzet tot de data-analyse en interpretatie. Het sequencen zelf is daarin een essentiële stap, maar we merken dat het voor onze klanten niet zo veel meer uitmaakt hoe wij dat precies doen, als het maar helpt om hun vraag te beantwoorden. Vandaar dat we ook steeds meer klanten hebben die van zichzelf maar heel weinig kennis hebben van genomics.”

Ons sterke punt ligt op de combinatie van microbiologie en genomics
Bas Reichert

Microbioom

“Toen we destijds nadachten over deze nieuwe focus, kwamen we tot de conclusie dat ons sterke punt ligt op de combinatie van microbiologie en genomics”, vertelt Reichert. “Wij deden altijd al veel analyses van micro-organismen in het kader van kwaliteitscontroles, en daarnaast hadden we al veel projecten gedaan voor klanten op het gebied van biotechnologie en fermentatie. Bovendien zagen we dat op dat moment het onderzoek naar microbiomics in opkomst was – dat sloot daar precies bij aan. Vandaar dat we besloten hebben om ons vooral daarop te gaan richten.”

We kijken of we door aanpassingen in de voeding methaanuitstoot kunnen verminderen
Bas Reichert

Bij microbiomics draait het niet om de analyse van een enkel micro-organisme, maar om hele communities van bacteriën, gisten en andere micro-organismen, ook wel het microbioom genoemd. Het meest bekend is het microbioom in de darmen, de darmflora, maar het kan ook gaan om het microbioom op de huid of in de mond, of het microbioom in de bodem. Die diversiteit is ook terug te zien in de projecten die nu binnen BaseClear gaande zijn, variërend van projecten op het gebied van babyvoeding, probiotica, de behandeling van huidaandoeningen, zoals eczeem en acne en de ontwikkeling van microbioomvriendelijke cosmeticaproducten.

Van cosmetica tot diervoeding

Een van de nieuwste toepassingen ligt op het gebied van cosmetica. “Er is bijvoorbeeld een fabrikant van shampoos die ons gevraagd heeft om te kijken naar het micro-organisme dat hoofdroos veroorzaakt. Hij wil graag weten waarom de ene persoon daar nu wel last van heeft en de andere niet. En natuurlijk wil hij ook weten of het product dat hij aan zijn shampoo wil toevoegen, uiteindelijk ook het gewenste effect heeft”, vertelt Reichert. Een heel andere toepassing ligt op het gebied van diervoeding. “Hierbij staat bijvoorbeeld de vraag centraal of het mogelijk is om dieren efficiënter voedingsstoffen te laten opnemen uit hun voeding, waardoor ze sneller en harder gaan groeien. Een andere vraag is of het mogelijk is om de methaanuitstoot van dieren te verminderen. Uiteindelijk wordt die methaan namelijk geproduceerd door de micro-organismen in de darmflora. Vandaar dat we samen met klanten aan het kijken zijn of we door aanpassingen in de voeding die methaanuitstoot kunnen verminderen”, legt Reichert uit.

Dieetadvies

Via de spin-off ‘MyMicroZoo’ doet BaseClear tegenwoordig ook microbioomanalyses voor consumenten. “We doen een paar duizend van zulke analyses per jaar. We hebben ondertussen ruim vijfentwintig diëtisten getraind, die mensen kunnen helpen om de uitkomst van de analyse te begrijpen en op basis daarvan advies te geven over hun dieet. De kennis op dit gebied neemt steeds meer toe, dus we verwachten dat dit de komende jaren nog wel verder zal groeien.”

Bij MyMicroZoo hebben we van consumenten zowel data over hun microbioom als over hun leefstijl
Bas Reichert
Mogelijk dat BaseClear zelf ook nog een bijdrage kan leveren aan die kennis, want al die analyses die het bedrijf doet, leveren natuurlijk een schat aan informatie op. “De meeste data is natuurlijk het eigendom van onze klanten, maar soms kunnen we met toestemming van hen wel meta-analyses doen aan die data. Bij MyMicroZoo hebben we van al die consumenten zowel data over hun microbioom als over hun leefstijl. Het zou heel interessant zijn om te zien of je daar trends in kan ontdekken, en of je bijvoorbeeld een ander patroon ziet bij mensen die meer bewegen”, zegt Reichert.
DNA-sequencinggenoomspecialist